Niedoczynność tarczycy jest klinicznym wynikiem upośledzonej produkcji hormonów tarczycy: tyroksyny i trójjodotyroniny. Hormony te są uwalniane gdy są stymulowane przez hormon stymulujący tarczycę TSH z przedniego płata przysadki. Pierwotna niedoczynność w 95% przypadków występuje, gdy tarczyca nie jest w stanie wytwarzać hormonów z powodu niedoboru jodu lub nieprawidłowości w samym gruczole. Niedoczynność tarczycy jest najczęściej spowodowana chorobą autoimmunologiczną lub uszkodzeniem w wyniku leczenia chirurgicznego lub radiojodu. Lekarz endokrynolog podejmuje decyzję o metodzie leczenia w zależności od konkretnej sytuacji klinicznej.